工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！

索罗星球上挖掘出了第六文明的遗迹，主角——名叫雪姬·科斯莫的少年与其他地球人移民到了这里。挖掘出来的巨型机器人被称为 Ideon，这个名字是 Formosa Sheryl 从废墟中发现的文件中获得的。

这个伊迪恩，是外星巴夫族传说中，作为伊德岛的巨神而流传下来的。卡拉拉·阿吉巴未经井出搜索队队长吉杰·扎拉尔的许可，前往索罗星球（洛戈·达乌饰）进行调查。

科斯莫 (Cosmo)、乔丹·贝丝 (Jordan Beth) 和伊姆霍夫·卡莎 (Imhof Kasha) 驾驶着 Ideon，但两个人类种族都惧怕对方，称对方为外星人，而当他们试图消灭外星人以保护自己的星球时，战争不断升级。

科斯莫和他的朋友们放弃了 Solo Planet，乘坐 Ideon 的母舰 Soloship 逃往太空。

小学生木之本樱（丹下樱 配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸 配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子 配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫 配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛牌的东西。现在，封印解除了，它要小樱成为库洛魔法师，它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天，小樱的班上转来了一个名叫李小狼（熊井素子 配音）的转学生，这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来。随着库洛牌的封印，越来越多的角色出现在了小樱的身边，而他们的真正目的，却还不得而知。