与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。
然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机…… 

充满荣耀的十二战士的，血战记录——十二年一度开办的第十二回十二大战。拥有干支之名的十二名刚猛战士，赌上各自的性命与灵魂交战。参加者是“子”“丑”“寅”“卯”“辰”“巳”“午”“未”“申”“酉”“戌”“亥”十二名异样的战士。在此战中胜利者，能够实现任何一个愿望。无论如何都想要实现的唯一一个愿望——活到最后的是谁？在谋略与杀戮席卷的战场上，落下的是谁的眼泪？惊心动魄的混合大战，开战。

故事发生在樱丘高中内，在开学典礼上，合田美樱（丰崎爱生 配音）和芹泽春晖（铃村健一 配音）相遇了。四散的樱花雨中，两人的身影在彼此的眼中留下了深深的烙印。之后，姻缘的红线将两人紧紧的联系在一起，他们一起上学放学，一起吃午餐便当，在天台上闲聊打发时光，虽然周围的朋友们都认为两人已经是在交往的情侣了，但只有他们两人自己知道，在两人之间，依然存在着无法跨越的鸿沟。美樱是美术部的成员，在画画时往往沉浸在自己的世界中无法自拔。而春晖则加入了电影研究部，个性开朗乐观的他喜欢和朋友们聚在一起讨论当下最流行的电影。这个世界上存在着相互喜欢但无法表白心意的人吗？

结月（钉宫理惠 配音）是一个平凡的女子高中生，一天，在机缘巧合之下，她被手机传送到了一个名为“神牙”的世界之中。在那里，狼人和吸血鬼们同人类生活在一起，拥有着特殊血脉的姬神子维持着这个世界里的和平与平衡，但是有一天，姬神子莫名其妙的失踪了，天平开始倾斜，与此同时，名为厄魔的魔物接二连三的出现，整个世界处于崩塌的边缘。在这里，结月遇见了名为丰臣秀吉（花江夏树 配音）的武将，被其所救，很快，丰臣秀吉就发现，在结月的血中，存在着能使月牙族觉醒的神秘力量，之后，武田军、上杉军、真田君等各派人马都知道了结月的秘密，结月成为了他们争夺的对象。

高中生结城理（石田彰 饰）自幼父母双亡，在过去的十年里他一直寄宿在郊外的亲戚家。这一天他返回而是居住的地方，转学进入当地的学校——私立月光馆学园高中部。某天，结城意外遭到神秘怪物的袭击。传说一天和一天之间隐藏着鲜为人知的“影子时间”，而怪物就是栖息在影子时间内的Shadow。由于受到攻击，结城体内足以和Shadow对抗的能力Persona突然苏醒。在此之后，他被介绍加入了云集着许多拥有Persona能力持有者的特别课外活动部。这群怀着各种各样想法的年轻人坚持不懈追寻着影子时间的真相，而等待他们的却是令人难以想象的残酷命运！

由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。