由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。